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Geração de SARS

Jul 05, 2023Jul 05, 2023

Nature Communications volume 14, Número do artigo: 3334 (2023) Citar este artigo

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Pacientes com COVID-19 em risco de doença grave podem ser tratados com anticorpos monoclonais neutralizantes (mAbs). Para minimizar o escape do vírus da neutralização, estes são administrados como combinações, por exemplo, casirivimab+imdevimab ou, para anticorpos direcionados a regiões relativamente conservadas, individualmente, por exemplo, sotrovimab. A vigilância genômica sem precedentes do SARS-CoV-2 no Reino Unido permitiu uma abordagem de primeiro genoma para detectar resistência emergente a medicamentos em casos Delta e Omicron tratados com casirivimab+imdevimab e sotrovimab, respectivamente. As mutações ocorrem dentro dos epítopos do anticorpo e para casirivimab+imdevimab mutações múltiplas estão presentes em leituras brutas contíguas, afetando simultaneamente ambos os componentes. Usando ressonância de plasmon de superfície e ensaios de neutralização pseudoviral, demonstramos que essas mutações reduzem ou anulam completamente a afinidade do anticorpo e a atividade neutralizante, sugerindo que são causadas pela evasão imune. Além disso, mostramos que algumas mutações também reduzem a atividade neutralizante do soro induzido pela vacina.

Os casos de infecção por SARS-CoV-2 foram relatados pela primeira vez no final de dezembro de 2019 em Wuhan1, e o vírus causou rapidamente uma pandemia global da doença de coronavírus 2019 (COVID-19). Em junho de 2022, mais de meio bilhão de casos foram relatados, com mais de seis milhões de mortes (https://covid19.who.int/). Sendo um vírus de RNA de cadeia positiva, embora sua polimerase tenha alguma capacidade de revisão, o SARS-CoV-2 evoluiu rapidamente com milhares de mutações já identificadas2. Certas mutações podem conferir vantagens de aptidão aumentando a transmissibilidade ou permitindo a evasão de respostas humorais induzidas por infecção natural ou vacinação.

Desde o início do surto, várias variantes preocupantes (VoC) (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html) surgiram como cepas dominantes globalmente3,4,5 ou regionalmente6, 7. Essas variantes contêm múltiplas mutações encontradas principalmente no gene que codifica o pico viral, a principal glicoproteína de superfície crucial para a infecção viral. O domínio de ligação ao receptor (RBD) do pico, que inicia a entrada viral na célula hospedeira interagindo com o receptor ACE2 do hospedeiro, é o principal alvo para potentes anticorpos neutralizantes (mAbs). Os mAbs têm como alvo o RBD de duas maneiras diferentes: a maioria se liga a uma região próxima à superfície de ligação de ACE2 do RBD, impedindo a interação do pico com ACE2 e, portanto, bloqueando a infecção8,9, outros se ligam a não-ACE2 locais de bloqueio no RBD, e esses mAbs podem funcionar para desestabilizar o pico trimérico10,11,12.

O tratamento medicamentoso pode impulsionar a evolução de patógenos, levando à seleção rápida de mutações vantajosas e surgimento de cepas resistentes13. Este processo pode resultar em falha do tratamento; e a disseminação da resistência pode causar novas ondas de infecções. Os mAbs são geralmente prescritos em populações vulneráveis ​​onde as infecções persistem devido à imunossupressão do hospedeiro, aumentando ainda mais a probabilidade de surgimento de resistência (https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/ 1039516/S1430_NERVTAG_Antiviral_drug_resistance_and_use_of_Direct_Acting_Antiviral_Drugs_.pdf). Existem potencialmente duas maneiras de evitar o escape mutacional. Em primeiro lugar, um coquetel de terapêutica pode ser desenvolvido para ligar simultaneamente diferentes locais no alvo, o que significa que, para escapar, o patógeno precisará evoluir duas ou mais mutações, reduzindo drasticamente as chances de fuga. Coquetéis de drogas são usados ​​para evitar a geração de mutações de escape por vários patógenos, como HIV14 e TB15. REGEN-COV é uma combinação de dois mAbs não competitivos totalmente humanos, casirivimab (REGN10933) e imdevimab (REGN10987), ambos direcionados à interface de ligação ACE2 do SARS-CoV-2 RBD e funcionam para bloquear a interação RBD/ACE216. Experimentos in vitro demonstraram que a combinação poderia neutralizar mutantes selecionados17 (https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/therapies/anti-sars-cov-2-antibody-products/anti-sars-cov-2-monoclonal-antibodies/ ) usando componentes únicos18,19. Um relatório anterior também sugeriu que o tratamento com REGEN-COV provavelmente não levaria ao surgimento de mutantes de escape em estudos pré-clínicos e em humanos20.

1 amino acid) are shown. The horizontal lines indicate p value thresholds of p < 0.001, p < 0.0001 etc. Residues with diverging frequencies (p < 0.001) are highlighted in red, with the observed amino acid change indicated in text. Residues known to interact with each drug are indicated in blue and purple at the top of the figure. Nine sites are highlighted in red in the figure: E406D/Q (p = 9 × 10−4), G446S/V (p < 10−16), Y453F (p = 0.000809) and L455F/S (p = 9 × 10−6) in patients infected with Delta and treated with casirivimab+imdevimab; P337R/S (p < 10−16) and E340A/D/K/V (p < 10−16), K356T (p < 10−16) and R493Q (p = 1.8 × 10−5) in patients infected with BA.1 and treated with sotrovimab; and E340K (p = 0.000369) in patients infected with BA.2 and treated with sotrovimab. See also Figure S1. No adjustments were made for multiple comparisons./p>1 mutation: three patients infected with Delta treated with casirivimab+imdevimab had a combination of G446V and L455F, one had G446S and L455S and one had G446V and Y453F. We examined the raw reads and confirmed that for all these patients, both mutations were present on most contiguous raw reads. Among BA.1 patients treated with sotrovimab, four had a combination of E340A and R493Q, one had E340D and R493Q and one had K356T and R493Q./p>10-fold reductions in the neutralisation titre of Delta+Y453F (16-fold), Delta+L455F (17-fold) and Delta+L455S (155-fold), compared to the wild-type Delta variant (Fig. 3A, C)/p>